Erano gli albori dell'espansione del genere umano nella galassia, un'era di guerre e anarchia. Razze aliene e orde di creature spaventose assalivano i mondi umani, divisi e in lotta tra loro, riducendoli a cumuli di cenere. Venivano massacrate intere popolazioni e i rimasti venivano fatti schiavi. Era un era oscura per l'uomo e sembrava che la sua fine fosse vicina. Era l'Era dei Conflitti.
Ma ad un tratto un uomo potente ristabilì la calma nei mondi umani, e con i suoi guerrieri potenziati geneticamente (gli "antenati" degli Space Marines) cacciò dai pianeti persi quelle creature xenoformi e riunì gli uomini sotto un unica potenza: l'Impero. Attraverso un atto militare imponente, la Grande Crociata, con le venti legioni di Space Marine, dette gloria alla razza umana nelle stelle.
Lui era l'Imperatore dell'umanità, ed il suo sogno di riunificare la galassia era quasi compiuto.
Prima di tutto con il suo seme genetico creò i Primarchi, venti individui con poteri sovraumani che sarebbero stati i suoi generali. Purtroppo, dagli oscuri abissi del Warp, forze sconosciute dispersero i venti neonati in tutta la galassia.
E' proprio con i semi genetici rimastagli che creò gli Space Marine della Prima Fondazione, si penza su Marte.  Queste legioni furono in prima linea sui mondi alieni e riconquistarono ogni territorio perso. Quando gli Space Marine si riunirono ai Primarchi ritrovati, la forza delle legioni raggiunse il massimo. E mentre la speranza di una galassia umana sembrava realtà, un evento terribile scosse tutto il genere umano.
Tra i Primarchi iniziò a serpeggiare il malcontento, causato da debolezze o da contrasti con le decisioni ed i decreti che L'Imperatore emanava dalla Terra. Horus, uno dei Primarchi piu fedeli e potenti, che aveva assunto il comando della Grande Crociata, corrotto dagli Dei oscuri del Caos, si ribellò all'Imperatore e fu seguito da altri Primarchi con le loro legioni e da reggimenti della Guardia Imperiale e legioni di Titani. Ci furono varie battaglie che videro la morte di migliaia di lealisti, finchè delle sette legioni che l'Imperatore inviò contro Horus su Istvaan V, quattro si schierarono dalla parte del Caos: ora c'erano nove legioni lealiste e nove traditrici. L'eresia culminò nell'assedio al Palazzo dell'Imperatore sulla Terra, ed è proprio da lì che quest'ultimo partì con Sanguinius e Rogal Dorn e molti Terminator verso la nave spaziale di Horus in orbita. Questo aveva sfidato l'Imperatore abbassando gli scudi della nave, poichè sapeva che gli Angeli Oscuri Horus fu colto di sprovvista e ucciso dall'Imperatore in un epico scontro. Tuttavia lo stesso Imperatore fu ferito a morte, e il suo Primarca più fidato, Sanguinius, ucciso. Ancor'oggi, dopo 10.000 anni, il corpo dell'Imperatore è tenuto in vita dal Trono d'Oro della Terra, un campo di stasi dai poteri eccezionali.
Così le legioni traditrici furono cacciate, dopo molti anni di guerre, nell'Occhio del Terrore, una spaventosa zona della galassia in cui lo spazio Warp si mescola con quello reale. L'eresia era stata neutralizzata, ma i mondi indifesi degli uomini erano esposti ad attacchi di predoni e alieni. Ancora una volta il genere umano stava per estinguersi, ma Roboute Guilliman, Primarca degli Ultramarine, radunò i Marine rimasti e gli altri Primarchi lealisti e li condusse alla vittoria, dando inizio all'era dell'Imperium.
Fu Guilliman a scrivere il Codex Astartes, un codice militare che trattava, oltre ad altre sanzioni, la divisione delle legioni di Space Marines in organizzazioni più piccole di 1000 Marine: i capitoli dell'Adeptus Astartes. In questo modo nessuno sarebbe stato capace di comandare una devastante legione di 10.000 Space Marine, con i danni che ne sarebbero potuti derivare.
Ancor'oggi le leggende sugli Space Marines, gli Angeli della Morte, vengono sussurrate tra i cittadini dei mondi umani in tutta la galassia, insieme ai ricordi dell'Eresia di Horus. Nessuno si scorderà mai di come gli Angeli della Morte recarono distruzione ai nemici dell'umanità.

Tratto in parte dal Codex: Space Marine

NOTA: ogni razza ha in realtà una propria storia, descritta nel suo Codex.